Tilluft filtreras för att rumsluften ska uppfylla luftkvalitetskraven men också för att inte orsaka nedsmutsning eller korrosion på kanaler och komponenter. Om frånluften ska passera värmeåtervinningsaggregat, värme- eller kylbatteri måste den filtreras. Frånluften innehåller mycket damm som kan bilda en porös och isolerande beläggning som minskar värmeöverföringen och verkningsgradema drastiskt. Frånluftsfiltret placeras så att frånluften renas innan den fortsätter till värmeåtervinningsaggregatet. Tryckfallet över ett rent filter kallas begynnelsetryckfall. När ventilationssystemet är i drift samlar filter på sig smuts och tryckfallet ökar. Luftströmning genom ett filter är i stort sett alltid rent laminär. Vanligen finns en tryckvakt på FTX-aggregatet som slår larm när sluttryckfallet uppnåtts och det är dags för byte eller rengöring. Tryckfallsökning på grund av smuts påverkar funktionen, om fläktarna är oreglerade kommer luftflödet att minska när filtret blir smutsigt. För att hålla konstant luftflöde ska fläkten regleras, t ex varvas upp, vilket kan innebära att fläktarbetet ökar.
